回国几个月后，巫宁坤就开始被迫接受思想改造，而后一波又一波的政治浪潮，巫宁坤都没能幸免，1958年他被划为右派，1979年摘帽，开除公职，劳动改造，险为饿殍，九死一生。在1986年，他用九个字归纳自己的一生：“我归来，我受难，我幸存”。而李政道，在1957年获得诺贝尔物理学奖。1958年，当选中央研究院第二届院士，1962年加入美国国籍。
