2020年，88岁的陈日君曾只身远赴梵蒂冈求见教宗方济各，想当面递信求教宗任命“忠于信仰”的香港新主教，但等候多日一直遭拒见，无奈返港。陈日君与方济各二人之分歧有多深，可见一斑。这位Cardinal Zen曾批评主管梵蒂冈外交的国务卿PietroParolin缺乏信仰，应该辞职。但明眼人一听便知，这只是清君侧的托辞。梵蒂冈的外交路线，特别是中梵关系等大事，又岂是国务卿一人主导，而无方济各首肯？只是教宗要维持其形象，不方便出面的事情由国务卿代理而已。直到2022年，陈日君因为612基金被捕控以“勾结外国势力罪”，方济各才首次开口亲揭自己对陈日君与中国的认知与立场。

在2022年一程从哈萨克回罗马的飞机上，记者访问方济各：你一直强调宗教自由的重要，那你是否认为审讯陈日君是违反宗教自由？方济各回应的原文虚辞滥调甚多，但大意为：我不会说中国不民主，因为中国是个复杂的国家（下删两段称中国有很多个省很多种文化，是以了解中国很艰难）。所以比起说中国不民主，我会支持对话路线。

虽然方济各有点答非所问，记者问陈日君案是否违反宗教自由，方济各答不会说中国不民主，理由是中国很大很复杂。但其态度却十分明显，就是“为了对话不会非议中国政府”。这也是方济各唯一一次亲示与陈日君之分歧。方济各一直被视为最开明的教宗，其开明路线与前任保守的本笃十六世成鲜明对比，所以有人拍了《The Two Popes》来歌颂之。他对同性恋友好，支持civic union，宽容对待坠胎妇女，深受西方进步左派欢迎，在教内外声誉俱佳。举目天主教内，有多少人支持陈日君呢？可谓少之又少。飞机访问之后，有天主教传媒评论称教宗背叛了陈日君，亦有德国枢机Gerhard Muller直斥整个教廷高层在陈日君案上沉默，点名枢机团团长，国务卿，和教宗都没有发文支持陈日君，连公开为陈祈祷都欠奉。但这些声音都未能引起广泛回响。

梵蒂冈选举教宗的Conclave即将举行，今次热门候选人众多，当中就包括了曾被陈日君批评的国务卿Pietro Parolin。93岁的陈日君此行去梵蒂冈，因为超龄不能参与选举，他唯一可以做的，就是影响参选者修改方济各与Pietro Parolin的路线。但他是孤独的，教内支持者稀，自由派把持的西方传媒也不太关心。这很可能，是他最后的一人战争。